Идеја о стварању Археолошког музеја у граду Алмериа је настао у првој половини 19. века. До 1837. године, од најближе граду и околини манастира успео да повуче 196 слика и древне новчиће и надгробне споменике, накит и прибор, датира из периода арапског владавине у Шпанији. Али за један број непознатих узрока отварања музеја у то време није дошло. Након тога, многи од ових предмета је музејска збирка ван Алмериа, па чак и иностранству.

Проглашење Другог шпанског Републике била је чињеница да је 1933. године у Алмерији и даље отворен Археолошки музеј, који је смештен у згради Института за истраживање. Почетни збирке Музеја археолошких остатака пронађених током ископавања у Алмериа и околини. У 1934. године, музеј је већ почео сарадњу са другим музејским колекцијама у земљи. Године 1979., у вези са ширењем музејске збирке је пресељена у зграду, у којој је смештена Цоллеге оф Саинт Мари тхе Виргин дел Мар.

У 1998. од стране архитеката Игнацио Гарциа Педроса је и Ангела Гарциа де Паредес је изграђен нову зграду музеја који задовољава модерне захтеве. Унутрашњост нове зграде, простран и светао захваљујући сложеним системом природног осветљења, а минималистички дизајн, јасно геометријских линија и просторног капацитета. Колекција Археолошког музеја Алмериа су експонати из палеолита до маварске доминације Иберијског полуострва.