Оригинални Јеврејски музеј Беч је основан 1896. године и био је први музеј такве врсте у свету. Музеј је постојала уз подршку "Друштва за прикупљање и чување уметничких и историјских споменика Јевреја." Он је фокусирано на историју и културу Јевреја у Аустро-Угарској. Његова збирка предмета и производа из Палестине и одражава политичку дебату о ционизма. Музеј је затворен одмах након окупације Аустрије од стране нациста. У последњој години свог постојања, имала је 6474 различитих артикала. Године 1939. они су пребачени у Музеју етнологију, и другим институцијама.

Већина предмета је враћено у јеврејској заједници у раним 1950-их, али неки успели да се врате само у 1990. години. Многи од експоната су изгубљени. Када је нови Јеврејски музеј има инвентар, утврђено је да половина од оригиналних предмета нестао. Али остатак ствари су веома ретки експонати који представљају као предмет свакодневног живота, и јединствених материјала.

31. децембар 1964. мала јеврејска Музеј је отворен у новосаграђеној згради на Темпелгассе, али нису добили готово никакву пажњу јавности. Након 3 године музеј је затворен.

Прва изложба у новом Јеврејском музеју Бечу отворен Марцх 7, 1990 у привременим просторијама у просторијама Јеврејске заједнице. Значајан део изложбе је састављен од скупа Мак Бергер. Године 1992. музеј се преселио у свом садашњем кући у палати Ескелес Доротеегассе. Музеј је отворен годину дана касније, 1993. године. Библиотека је отворена за јавност од 1994. године.

Од јесени 2011. године, музеј је отворио своја врата након комплетну адаптацију, као и саме зграде, и ажурира сталну поставку. Реновиран Јеврејски музеј поздравља посетиоце на нови систем расвете, која је урађена у складу са оригиналом. Стална поставка у музеју се налази у три зоне.