У 1647 град Еисенстадт била под владавином кнежевске куће Естерхази, који је имао велики утицај на град и довело до позитивних промена. У 1648, указом цара Фердинанда ИИИ Еисенстадт постао слободан град, Одано плаћа у износу од 16.000 гулдена и 3.000 барела вина. У 1670 Паул сам дозволио да се населе у Еисенстадт и шест околних заједница 3000 Јевреја, који су протјерани из Беча. Рабин града био је Вертаимер Самсон сам који је сахрањен на старом јеврејском гробљу.

Постојала је потреба на гробљу. Дакле, постојала је стара Јеврејско гробље у 17. веку у близини јеврејске четврти. Старо гробље функционисао од 1679 до 1875 година и запошљава око 1.140 надгробних споменика са натписима само јеврејских. Због ограниченог простора, на старом гробљу поред основана нова. Нови гробље је у употреби од 1875. године.

Током нацистичке окупације, оба гробља су делимично уништен, а надгробни споменици су коришћени за изградњу баријере око града. После 1945. гробље је реновиран, а споменици су стављени на место. У 1992. нова гробље вандализам догодио: око 80 надгробних споменика су оскрнављена нацистичких симбола.

Гробље Ајзенштадт се разликује од других древних јеврејских гробаља недостатак вегетације. Међутим, веома је сличан по облику и изгледу са Бечком гробљу. То је због чињенице да су први досељеници били су бечки емиграција. Пре улаза у старом гробљу је кроз предивне полукружним металним вратима, али сада они нису сачувани. Оба гробља су отворене за јавност.