Манастир је основао дно Мавра Диас в 1280 за монахиње клариссок. Манастир није дуго трајао, ау 1311. је престала да постоји. У 1316. супруга краља Динис И, краљица Изабела од Португала, обновљене манастира.

Краљица Изабела од Португала назива "Свети Краљица" због њене изузетне побожности и праведности. Краљица такође познат по свом добром карактеру је заснован болнице, сиротишта и школе. После смрти свог мужа, краља Динис, она повукла се у манастир. И у 1336. краљица је умро и сахрањен је у манастиру у гробу, украшен у готском стилу. У 1626, краљица Изабела је канонизовала за своју милостињу и добрим делима.

Први архитекта манастира био је Домингос Домингуес, познат по свом раду на галеријама манастира Алцобаца. Он је наставио рад овог архитекте Естевао Домингуес, који је био познат по свом раду на катедрали галеријама у Лисабону. У 1330 Освећење храма, а касније у јужном делу цркве је изграђен манастир. Манастир је често представљен новчане донације и поклоне. На почетку КСВИ века, црква је украшена Севиллиан плочицама и инсталирани нови олтара.

Пошто је манастир и црква изграђена на левој обали реке Мондего, а затим годину дана касније зграда је поплављено преко обалама реке вода. И вековима манастир поплављен много пута. Због честих поплава у манастиру није било могуће да буде, и краљ Џон ИВ наредио да напусте зграду и прешли на нови манастир - Манастир Санта Цлара-а-Нова, изграђен на брду недалеко од старе зграде. Гробница са остацима краљице Изабеле и других краљевских особа пребачено у нову зграду.

Временом, стари манастир у рушевинама. Године 1910. зграда је наведен као споменик од националног значаја, а неке реконструкције радови су изведени у првој половини двадесетог века.