Црква Сан Себастиан налази се на брду, у близини рибљој пијаци, у северном делу старог града Лагос. Са ове локације нуди задивљујући панорамски поглед на залив. Црква се сматра једним од најстаријих и најлепших цркава у граду.

Чак и пре него што је црква саграђена на овом месту у 1325. био је капела оф тхе Иммацулате Цонцептион Блажене Дјевице Марије. У 1463., владика Жоао де Мело је урадио на овом месту саграђена црква. У 1490, по налогу краља Португала, Дон Жуан ИИ, били смо поново спроведено радове на реконструкцији, а црква је продужен. Након тога, црква је освећена као црква Сан Себастијан (црква Светог Себастијана). Нажалост, као што се догодило са многим историјским зградама у Португалу, црква је практично уништена током Лисабонски земљотреса у 1755. Црква је обновљена, а два века касније, црква је поново уништен у земљотресу који се догодио 1969. године. Временом, црква је поново обновљена.

Унутар цркве тробродна раздвојене дорских стубова. Оригинални Главни олтар цркве датира из КСВИ века. Олтар се састоји од четири панела. Очекује се да ће ови панели створио један од најпознатијих уметника Алгарве у КСВИ веку Алваро Диас. Црква чува стари план града. У 1828. године, црква има торањ са звоном.

У 1924., црква Сан Себастиан је наведена као споменик од националног значаја.