Црква Санта Цруз је подигао језуитског монаха у 1608. као парохијске цркве за кинеских имиграната у Манили, од којих су многи усвојени хришћанску веру. Када су језуити су протерани са Филипина, црква је постала власништво једног Доминиканске монаха. Црква је скоро два пута уништен снажном земљотресу и озбиљно повредио током чувеној бици код Манила у фебруару 1945. године, која је обележила крај скоро три године јапанске окупације града.

Када је 1571. проглашена је главни град Манила Филипина архипелаг, она је постала трансформисала у обличју средњовековног европског града са црквама, палатама и градској већници саграђена у стилу шпанског барока. Садашња зграда цркве Санта Цруз, реновиран 1957. године, обновљена у свом изворном облику. Међутим, могуће је видети трагови куле је типично за азијске архитектуре. Олтар цркве на први поглед изгледа мало потцењена, али његов дизајн светла савршено.

Црква Санта Цруз налази се на Плаза Лацсон (раније Гојти Ареа), у близини чувеног Фонтана Карредо, саграђена 1882. у част "највећи добротвор на Филипинима" Францисцо Карредо који је донирала 10 хиљада пезоса за изградњу првог водовода у Манили.