У јапанској историји је било време када су владари фаворизовала ширење хришћанства, а периоди када се доведени из иностранства доктрине показала у срамоти, а његови следбеници били прогоњени. У КСВ и КСВИ веку, Хришћанство се брзо проширила на острвима у архипелагу, али на крају КСВИ века био забрањен, а народ Јапана се практикује тајно. Становници Нагасаки су били приморани сваке године да докажу да нису хришћани. Да би то они понудили да крсе слику Исуса Христа и Богородице, и овај ритуал учинити, морали су да прођу до средине КСИКС века. У принципу, хришћанство је забрањен у Јапану онолико колико два и по века, током овог периода су погубљени, мучени или депортовали хиљаде људи испољавају вјеру.

Фебруар 5, 1597 у Нагасакију су јавно погубљен за мисионарски рад од 26 људи, међу којима 20 су Јапанци, четири Шпанце, као и мексичких и Индијанац. По налогу тадашњег владајућег схогун Тоиотоми Хидеиосхи ухапшен хришћани су били мучени, а затим ставити у Нагасакију и био разапет на крсту подигнут на брду Нисидзака. Након погубљења жртава постала мученике као свеци чита и препозна им различите забаве. Стотину година након канонизацију у 1962. на брду отворен споменик и музеј. 6. фебруар Католичка црква у Јапану слави своју меморију.

Музеј садржи важне историјске документе донели из Европе и састављене у Јапану, артворк периода раног хришћанства у Јапану. Доказ хронолошки упознају посетиоце са периоду раног хришћанства, а некад прогон хришћана и живот тајних католика у периоду од самоизолације државе.

У овом тренутку, хришћанство је трећи од главних религија у Јапану после будизма и шинтоизма. На почетку КСКСИ века, било је око 2, 5 милиона хришћана, углавном католици.