Археолошки музеј Осијек основан је 1877. године и звала Музеј слободног краљевског града Осијека. Музеј је основан на иницијативу и на донацијама (нумизматичке збирке, збирка античких оружја и литературе) трговачке Фрањо Седлаковицха. У 1878., први кустос музеја именован је Андреј Кодрик. У првим деценијама музеја испуњен искључиво из донација богатих и угледних грађана града Осијека, која је укључивала Фрањо Седлаковицх Царл Муеллер, Јосип Јурај Строссмаиер, Емерицк Хилда и Др. Карл Коллицх. Ова колекција је била и остала највећа донација у историји музеја.

Један од најпознатијих кустоса је Вјекослав Целестина - кустос музеја од 1893. године. Он је радио у музеју скоро 43 година, био је марљив радник и професионалац. То потврђује и чињеница да је познатих музеја у Хрватској и иностранству. Наступао је већи део посла: забринути због завршетка и представљање колекције музеја, спроводи систематски преглед документације, почевши од археолошког локалитета и завршава етнографске материјала. Целестине за свој рад се с правом сматра једном од оснивача музеја. До краја мандата кустоса у 1933. је основао археолошког друштва клуб "Мурс" (1937. је преименована у Друштво пријатеља старина "Моорес"), који је важан допринос раду музеја.

Музеј кроз историју често мењао своју локацију. А од 1946. године, и до данас је у Осијеку Цитадел - бивши Градског већа.

Током рата, Музеј је тешко оштећена, али срећом, цела колекција је остао готово нетакнут. Највећа штета проузрокована прикупљање кише и неправилног складиштења. Стална поставка је одведен на сигурно место. Али током константном гранатирању, рад музеја је суспендован. Године 1994. музеј је добио статус националне институције.