Први универзитет у Печују појавио у 1367, као један од најстаријих у Централној Европи краља Луја Великог, она је отишла под вријеме турске окупације. У 1921. бивше мађарске Универзитета у Братислави (то Братислава, мађарски:. Позсони) преселио се у Печују, Јанус Паннониус је резултатом1982 Универзитет (Јанус Паннониус Тудоманиегиетем, ЈПТЕ).

  Први универзитет је основан у Печују по Лоуис и Мађарске у 1367. Пошто је постојала као јединствена образовни центар за неколико деценија, у средини 15. века је подељен у две школе - закон и теологију. Током турске окупације универзитета је затворен и отворен тек 1785. године, када Јозеф ИИ преселио Краљевску академију Гиор, Печују. У 1802. је Краљевска академија дошао у Гиор по налогу Фрање И, и институције високог образовања у Пећи није било све до 1833, када је епископ у Печују под покровитељством градске сенату основана Пећкој академије са правним факултетима и филозофије.

  Модерна Универзитет у Печују је основан 1912. године и првобитно се налази у Позсони (сада Братислава). Након Првог светског рата Позсони је анексирован из Мађарске, а 1921. преселио се на Универзитету у Печују, где остаје до данашњег дана. У 1951., Медицински факултет Универзитета је одвојен, а до 2000. године је био посебна институција. Године 1982, Универзитет је назван по Јанус Паннониус. Овај Универзитет у Печују је основан 1. јануара 2000. године спајањем Јанус Паннониус Универзитета, Универзитета у медицину и Учитељском факултету.