Зоолошки врт и Музеј природе у Сплиту су донирали у град због почетка КСКС века, неколико вредних природних колекција. Професор Умберто Дзхирометта 1923. године покренуо питање стварања Природњачког музеја. Градско веце Сплита узео ствар у Преглед и 1924. основао први музеј и Дзхирометта постао њеног лидера све до своје смрти 1939. године.

У првим годинама свог постојања, Музеј је смештен у једној од општинских зграда у центру града. Ускоро простор није довољно, а музеј је премештена у једној од зграда у парку Марјан. Уз музеј отворио малу зоо, представља неке врсте домаћих и егзотичних животиња. За први у бившој Југославији Акуариум до зграде музеја поред саграђена додатни простор. Неколико година касније, океанариум била затворена и претворена у малом кавезу. Данас у Сплиту зоолошком врту има преко 300 врста животиња.

Зграда у парку Марјан о војним акцијама 1991. године била затворена из безбедносних разлога. Затим, музеј уселио у тврђави Грипе, а након 1997. се вратио у Мариан. После 2000. године, на захтев радника за потребе Музеја је додељен нови простор, укупне површине од око 1156 квадратних метара, у којем је Музеј је почео са радом у јануару 2002. године.

Пре отварања новог директора музеја је реорганизован музејске збирке и испричао неколико нових изложеност (нпр колекција препарираних животиња и птица, Одељење за геологију и палеонтологије, ентомологије, Одељење за кичмењака и бескичмењака, итд). Су обављене радове на обради и систематизацији експоната, рад на терену у централном делу Далмације, бројне изложбе у музеју и изван ње. Поред тога, музеј особље укључено у бројним научним конференцијама.

У приземљу музеја домаћин разних изложби, а на осталим етажама куће сталну поставку. Свако може купити музејске додатне материјале о историји музеја и локалне природне историје.