Древна легенда каже да је у 1364 литвански племић по имену Госхтаутас позвани да 14 фрањевачких фратара и дао их у свој дом да би могли да се населе у земљи. Када Госхтаутаса лево, убијено је све монаси. Нешто касније, племић Позови фрањевци. Нове монаси се настанио на другом месту, и место убијених монаха, он је подигао цркву, по имену у част Светог крста.

У 1524. црква је изгорела. У 1635 у овом месту населили свештенике Бонифратрзи. Они су почели свој рад са, изградили нову цркву Светог крста, основан у близини манастира истог имена и отворена у манастиру болници. Касније, болница претворен у склониште за ментално болестан. Госхтаутаса Католичка црква је добила од манастирских просторија. Психијатријској болници радила овде до 1903. године, када је прешао у новој згради која је изграђена специјално за психијатријску болницу.

У 1737. црква је поново спаљен. У 1748. црква је реновирана, унутрашњост је у потпуности поправљено, шест олтари су изграђена и инсталирана Кост'ол'на Одељење саграђена у барокном стилу. Само украшен барокни фасада и изградњу манастира. Иако након обнове екстеријера зграде и било је елемената рококоа. Унутар храма стоји величанствено преко пространих соба каменим луковима унакрсних. Интересантан спој архитектонских елемената барока, рококоа и нео-рококоа.

У храму се налази извор, који се сматра чудотворна. Легенде кажу да је извор појавио изненада поред статуе тхе Иммацулате Цонцептион. Ово је место где су монаси мучени побио фрањевци. Они кажу да је нарочито корисно вода овог извора на пацијената оболелих од болести ока.

У цркви постоји и чудесан крст, који се монтира изнад главног олтара. Испод крста је слика Блажене Дјевице Марије са дететом. По свој прилици, слика насликао у 17. веку, али сигурно је порекло слике је непознат. Такође је рангирана међу чудесних творевина. Копија чудесном сликарства Блажене Дјевице Марије са дететом, у облику фресака може се видети на главној фасади цркве. То је под лучни забат, изграђена 1737. године између два бочна торња цркве.

Између 1914. и 1924. године у цркви одржана је посебна служба за студенте литванских школа. У време када је била окупирана од стране Вилниус Пољској, нису спроведена у храму службе у литвански иазике.В Бонифратр 1843 Реда је укинута, а уместо манастиру је остао само њихова заступљеност. Године 1909. црква је поново поправљен. На крају Првог светског рата, 1924. године, владика Јургис Матулаитис Бонифратр позван да се врати у манастир Светог крста. Повратак монаха у манастиру била веома благовремено. Они поправи цркву, подизање шест олтаре тамо. Они су такође организовали у манастиру склониште за старе и народној кухињи за сиромашне "Царитас".

Почетком Другог светског рата, браћа из Вилна су повучене Бонифратрзи Ордер. Године 1947. манастир заклоњен сестара заједницу "од Иммацулате Цонцептион Блажене Дјевице Марије". Међутим, они доминирају кратког даха. Совјетске власти су затвориле у 1949. и манастир и цркву. Зграде манастира су се налазиле станова.

Године 1976., храм је обновљен и уређен у њему Вилниус филхармоније Цонцерт Халл, такозвани "малој сали барока." Било је концерти органа музике.

Вилниус Архиепископија се вратили у своје куће тек након промене режима 1990. године. Храма и манастирске зграде су обновљене и пребачен на ново посвећених монахиње Конгрегације сестара "безгрешном зачећу Пресвете Богородице."