Универзитет у Загребу је најстарији не само у Хрватској, него иу југоисточној Европи. Датум његовог званичног оснивања сматра Септембар 23, 1669, када је римски император и мађарско-хрватски краљ Леополд И је издао закон признаје привилегије и статус универзитетских образовних институција у бившој језуитског академије, који је деловао на подручју слободног краљевског града Загреба, некадашње престонице Краљевине Хрватске и Славоније. Овај датум је почетак историје на Универзитету у Загребу у борби за остваривање права примљених и да добије достојну место међу ауторитативни и представника универзитета и академија у Централној Европи.

Историја на Универзитету у Загребу у свом модерном облику почиње са иницијативом дзхиаковского епископа и истакнути покровитељ Хрватске Јосипа Јурја Строссмаиер, када је 1861. године предложио да се организује универзитет четири факултета: медицински, теолошке, филозофске и правне. Предлог је сматран за неколико година, а 1874. је хрватски парламент усвојио је иницијативу и издао декрет "на Универзитету." У истој години универзитет променио име и постао познат као модерног универзитета у Загребу.

Од 1990. године Универзитет је примио већу аутономију, у исто време почео је улазак у Болоњском процесу.