Изградња нове зграде у манастиру Санта Цлара у Цоимбра је лансиран у 1649. Манастир Старо, изграђена крајем КСИИИ века, је уништена, а одлучено је да се изгради нова зграда за монахиње Реда Санта Цлара.

Пројекат је развио бенедиктанцем манастира и краљевске архитекте Жоао Турриано, задужен за изградњу краљевског архитекте Матеус до Цоуто. Нова Градња је трајала довољно дуго. У 1677. нова зграда манастира, који је постао познат као манастир Санта Цлара-а-Нова, возио монахиње. У 1696. црква је освећена.

Главни портал Манастирска црква је украшена са краљевским грбом, који је подржан од стране два анђела. Унутрашњост цркве је у барокном стилу. Црква је једнобродна, попречни брод је нестао. Бочни капеле и главни капела је украшен са 14 алтарпиецес у КСВИИ веку у стилу "Талиа Дорадо" - алтарпиецес урамљена у исклесан и позлаћеном дрвета. Поред тога, нови манастир је пресељен гробницу са остацима краљице Изабеле од Португала, оснивача манастира. После смрти свог мужа, краља Динис, краљица била у Цоимбра самостана Санта Цлара до његове смрти и био је тамо сахрањен. Дакле, међу локалним становништвом овај манастир се зове манастир краљице Изабеле. Гробница са пепелом, од сребра и кристала, који се налази у близини главног олтара цркве. Пре цркве стоји споменик краљице Изабеле, вајар Антонио Теикеира Лопес у КСИКС веку.

Године 1733. у манастиру Цлоистерс су изграђена у ренесансном стилу. Изградња ових галеријама задужених за мађарске архитекте Карлос мардел.