Археолошки музеј Комотини је званично основан 1962. године и на основу археолошке збирке, окупио групу ученика једне од градских школа, где је, у ствари, древне артефакте и чувају у годинама 1937-1962. Године 1962., збирка смештена у посебној згради, али због константног попуну трезора музеја потребно хитно проширење изложбеног простора. У годинама 1968-1970 специјално за музеј дизајнирао угледног архитекте Констадинидиса Апис нова зграда изграђена, која је данас се сматра једним од најимпресивнијих модерних зграда у граду.

Јединствене мошти изложени у Археолошком музеју су прикупљени током Тракије, и покривају велики временски период од неолита до византијског периода, савршено илуструје историју културе у региону и истицање неоспорно утицај на њу од античких Грка. Главни Изложба обухвата налази из праисторијског насеља, грчких колонија, римских насеља и гробља. Изложба је представљена у хронолошком реду иу складу са територијалном надлежношћу древних артефаката.

Археолошки музеј Комотини, можете видети керамике и бронзе, Сцулптуре, накит, новац, оружје и погребне артефакте и још много тога. Највреднији ставка у колекцији је свакако златно биста римског цара Септимија Севера (АД 193-211гг).

Од 1987. године, Археолошки музеј редовно спроводи образовне програме за основне и средње школе.
  Данас Археолошки музеј Комотини - један од најинтересантнијих знаменитости града.